Un comité scientifique a pour mission de superviser la collecte, la conservation et la valorisation des archives, livres, objets scientifiques, artistiques et autres situés à Varagnes. Il est composé du reponsable du patrimoine scientifique au sein du ministère de la Culture, d'un ancien directeur du Musée des Arts et Métiers, de responsables de la mission Patrimoine Scientifique et Technique, de l'historien de référence de Marc Seguin, de trois Conservatrices du Patrimoine, d'un specialiste de la valorisation numérique du patrimoine et d'une universitaire spécialisée en innovation. 

Un comité de pilotage supervise les études prėparatoires  à la création  de la Fondation (modèle économique, avant-projets architecturaux,  aspects juridiques et fiscaux, recherche de financement). Il est  composé de représentants de la DRAC, de la Région Auvergne Rhône Alpes,  du Département de l'Ardèche, de la Ville et de l'Agglomération d'Annonay, de l'ENSATT, de l'Institut d'Optique de Saint-Etienne et de l'ENSA Lyon. 

L'équipe de direction de l'Association est composée de Marguerite Lefèvre (présidente), Valérie Lefèvre Seguin (vice-présidente) Jean-Marc Lefèvre (vice-président), Pierre du Peloux (secrétaire général) et Thibault Lefèvre (trésorier).

Plusieurs bénévoles accompagnent cette équipe (programmes, financement, juridique et comptabilité).

La Fondation sera  dotée d'une gouvernance en conformité aux recommandations émises en la matière.